このご質問は、産業用太陽光発電分野についてですね。

太陽光パネルが72kWと36kWを2セットでしたら、後者のほうがおすすめです。

例えがぐっと大きくなりますが、東京都内にある大井火力発電所のケースを考えてみましょう。

この発電所の出力は105万kWですが、これは一台105万kWの発電機で発電をしているわけではなく、35万kWの発電機が3台あって、それの合計が105万kWとなっています。

言い換えれば規模がどうでも、発電能力は単純な足し算になるのです。

このことを当てはめてみますと72kWのシステムが1基と36kWのシステムが2基では、36たす36で72ですから出力は同じです。

それなら、万一の時のことを考えると36kWの2セットのひとつに不具合が生じても、別のひとつは稼働しますから、大きな障害にはならないと思います。

ただしメンテナンスはパワーコンディショナー2台分になります。

しかし安全性と安定性を考えれば36kWを2セットのほうがお勧めと言えます。

なおこの場合、36kWの太陽光発電システム2セットをどのように電力系統に接続するかと言う問題がありそうです。

直列式よりも並列式のほうがベターだと思いますが、これはご質問者がすでにお考えになられていることだと思います。