数社に問い合わせて、そのうちの2社から施行が可能との話があったようですが、ご質問をされた住宅の屋根下地は太陽光パネルの設置には向いていないと申し上げたいと思います。

一般的に、太陽光パネルは屋根に直接穴を空けて茅葺きの下にある木材までボルトを打ち込んで太陽光パネルの架台を載せる工法が主流で、必ず屋根材が下地板（例えばコンパネなど）と接しているのが必要要件だと思います。

したがって、ご質問者の住宅の屋根にこの方法を採用すると、屋根材が負けてしまい、凹んでしまう恐れが多分にありそうです。

なお、金属瓦を該当部分だけ剥ぎ、垂木に厚手の板を打ち込み、そのボルトを打って太陽光パネルを載せる方法は、屋根材を一部取り除くことだと思います。

この場合、太陽光パネルと既設屋根材の取り合いを手際よく処理しないと、そこから雨漏れが起こる原因になるでしょう。

どうしても太陽光パネルを載せたいのならば、メーカーの保証が出してもらえるかどうかを確認してからのほうが良いと思います。

なお、メーカーからの保障が出ない場合は施工会社も当然保証をしないでしょう。

結論的に言いますと、太陽光パネルの設置に向く屋根が大部分ですが、向かない屋根もあるのです。